Shinji Ikari ist in die Zentrale des NERV-Labors zurückgekehrt und hat beschlossen, auch weiterhin als Pilot für den EVA-01 zur Verfügung zu stehen. Gerade rechtzeitig, denn die außerirdischen "Engel" planen einen neuen Angriff, dessen Ziel diesmal das Forschungslabor selbst ist. Shinji und Rei stellen sich erneut dem Kampf auf Leben und Tod...