Nur schwer findet sich Shinji Ikari in seine neue Rolle als EVA-Pilot ein. Skeptisch betrachtet er das Geschehen im NERV-Versuchslabor und in seiner Schule. Einzig seine Übungsleiterin Misato Katsugari genießt sein Vetrauen. Als die nach Shinjis eigenmächtiger Verweigerung von Befehlen in einem Kampf Kritik an ihm übt, läuft Shinji davon und will alles hinwerfen...