Nachdem Segami live mit dabei war, als die Selbstverteidigungsstreitkräfte einen Kamikaze-Angriff auf ein Raumschiff der Aliens verübten, teilt seine Mutter ihm kurz darauf schon eine traurige Nachricht mit, die seine Entschlossenheit, sich dem Kampf anzuschliessen, nur noch verstärkt. Gemeinsam mit den Small 3 schliesst er sich der „Rebellion“ an, und erklärt sich bereit, an der „Shibuya-Mission“ teilzunehmen, die von schwer bewaffneten Söldnertruppen angeführt wird. Währenddessen erwacht Futaba von Soldaten umzingelt an Bord des feindlichen Raumschiffs und wird ohne Vorwarnung beschossen, sodass auch sie sich gegen die ausserirdische Bedrohung zur Wehr setzen muss!