Im frühen vierten Jahrtausend geht eine Seuche um, das vom Mars stammende N5S-Virus, welches alle Betroffenen zu Zombies mutieren lässt. Der synthetische Mensch Zoichi Kanoe, Geschöpf und Agent des Unternehmens TOA-Schwerindustrie, wird damit beauftragt, die nicht infizierte und scheinbar resistente Ion Green zu finden, damit dem Virus Einhalt geboten werden kann. Unterstützt durch die Künstliche Intelligenz seines Hightech-Motorrads, Fuyu Kanoe, kämpft sich Zoichi durch die ins Chaos gefallene Welt und steht sowohl gegen die als Drohnen bezeichneten Zombies als auch gegen die Gesundheitsbehörde, die im Auftrag der Data Recovery Foundation (DRF) seinen Auftrag zu vereiteln sucht.

Ion Green wird zwar von Zoichi gefunden, aber der intelligente Bär Kozlov Leifnovich Grebnev, der sich wie ein Mensch verhält, bringt sie vor Zoichi und den Zombies in Sicherheit. Sie wird später von der Gesundheitsbehörde gefunden. Ein Agent dieser Organisation, der wie alle Angehörigen der DRF durch einen weißen Kittel zu erkennen ist, erreicht den Rückzugsort des Mädchens und verletzt ihren Beschützer schwer. Es gelingt dem Agenten auch, Zoichi vorläufig auszuschalten und mit Ion Green zu entkommen. Zoichi rettet Kozlov und macht sich an die Verfolgung des Entführers. An einem U-boot angekommen, welches Ion zum Hauptquartier der Gesundheitsbehörde bringen soll, kommt es zum Kampf. Zoichi kann alle Gegner besiegen, wird dann aber von der mit einer biologischen Panzerung geschützten Kahdal Spindal zurückgeworfen. Ihr gelingt mit Ion Green die Flucht. Nun wird der Plan der DRF bekannt, alle Menschen in Drohnen zu verwandeln, als mit dem Virus beladene Interkontinentalraketen gestartet werden.

Mit Hilfe eines Partikelgewehrs kann Zoichi die Raketen abschießen, bevor diese ihre Ziele treffen. Inzwischen hat die Gesundheitsbehörde unter General Narain die TOA-Schwerindustrie eingenommen. Zoichi erlebt dort den Tod seiner infizierten Mutter mit. Jene Frau hatte während seiner Wachstumsperiode in einer virtuellen Realität seine Schulung übernommen. Nishu Mizunoe, ebenfalls ein synthetischer Mensch der TOA-Schwerindustrie, versucht indessen den Gründer der DRF, Loew Grigorievic Grebnev, ausfindig zu machen. Sie trifft dabei auf Kozlov, den sie gerde noch vor dem feindlichen Agenten Higuide retten kann. Mit Kozlovs Hilfe findet Nishu auch einen seiner früheren Freunde, den ersten von der DRF erschaffenen synthetischen Menschen.

Durch Aufdeckung von Dr. Wildensteins Experimenten mit synthetischen Menschen und die Weigerung, ihren Befehlen Folge zu leisten, stellt sich die Gesundheitsbehörde gegen die DRF. Daher beginnt diese nun einen Angriff auf das Hauptquartier der Behörde. Als Zoichi hinzukommt, wird die Anlage bereits von den Kriegsmaschinen der DRF auseinandergenommen. Kahdal Spindal und Higuide versuchen, so viel wie möglich zu retten, während General Narain seinen Geist auf einen neuen Körper übertragen lässt. Niardi, die Herrin der DRF, erscheint und lässt sowohl Narain als auch Dr. Wildenstein töten. Doch Narain kann mit Hilfe des N5S-Virus wiederauferstehen und zerstört in seiner neuen monströsen Form alles in seiner Umgebung. Schließlich richtet er sich gegen Niardi. Zoichi und Nishu schaffen es zusammen, Ion Green an Khadal Spindal zu übergeben, die sich zusammen mit den Überlebenden des Angriffs über einen Orbitallift in Sicherheit bringt.

Fuyu gelingt es während dessen, Zutritt zu Narains Geist zu erhalten. Sie erfährt, dass Niardi die Fähigkeit hat, durch Berührung an Informationen aus biologischer Materie zu gelangen. Niardi hasst alle Technologie und möchte mit dem Virus eine Welt nach ihren Idealen erschaffen. Narain erliegt schließlich Niardi, und die Erde wird einer Verwandlung unterzogen. Zoichi und Fuyu finden sich auf einer fadenförmigen Welt wieder, welche in zwölf Sektoren unterteilt ist und eine Länge von 4,8 Milliarden Kilometern hat. Auch hier existiert die DRF, vor deren Zugriff Zoichi zwei Menschen dieser Welt rettet: das Geschwisterpaar Yah und Boots. Nachdem mit Fuyus Hilfe deren unbekannte Sprache erlernt wurde, wird das Heimatdorf der beiden aufgesucht, wo nach Kurzem auch ein Agent der DRF auftaucht. Dieser will sich Yahs bemächtigen und richtet ein Massaker an. Yah trägt ein Kind in sich, welches von Niardi zur erneuten Erschaffung der Welt verwendet werden kann, nachdem dies zuletzt nicht nach ihren Wünschen funktionierte.
Zoichi ist nicht in der Lage, Yah zu retten, kann aber deren Tochter Funiperro aus den Händen der DRF befreien. Es wird bekannt, dass das Mittel zur Transformation der Welt wieder das N5S-Virus sein soll. Auch Ion Green hat die Flucht aus der anderen Welt überlebt. Etwa sechshundert Jahre später taucht Kozlov auf, für den keine Zeit vergangen ist. Nach einem Kontakt mit der nun erwachsenen Funiperro erfährt er von Zoichis anhaltendem Kampf gegen die DRF und macht sich auf den langen Weg, diesen zu treffen. Der letzte Kampf soll von Funiperro gegen Niardi geführt werden, doch Funiperro unterliegt knapp. Der Kampf kann aber von Zoichi noch gewendet werden, Niardi unterliegt und stirbt schließlich. Auch Fuyu ist beim letzten Gefecht gefallen. Kozlov, Ion Green und Funiperro treffen zusammen, während sich Zoichi auf den Weg macht, Fuyu durch die Technologie der vergangenen Welt zurückzuholen. Eine Rückblende beleuchtet die Geschichte von Loew Grigorievic Grebnev, der im Körper seines künstlich erschaffenen Sohnes Kozlov auf den Mars geflogen ist, um sich mit der ersten Unsterblichen, Reload, zu treffen.