Bei den Auseinandersetzungen um den unberechenbaren Akira stirbt Takashi, der Kindgreis Nummer 26. Die Energie, die durch seinen Tod freigesetzt wird, aktiviert Akiras Kräfte - und Neu-Tokio wird durch einen gleißenden Blitz vernichtet. Nach der Katastrophe eröffnet Miyako einen Tempel, um den zahlreichen Verletzten und Obdachlosen zu helfen.
Nach der erneuten völligen Zerstörung Neu-Tokios durch Akiras entfesselte Kräfte bleibt Kaneda spurlos verschwunden. Dafür taucht Tetsuo wieder auf - und scheint ans Ziel seines Machtstrebens gelangt zu sein. Mit Akira an der Spitze ruft er das »Große Tokioter Reich« aus. Doch mittlerweile ist es einigen Agenten gelungen, sich in die Ruinenstadt einzuschmuggeln. Sie haben den Auftrag, Akira auszuschalten.
Kei hält die von den sich überschlagenden Ereignissen geschwächten Kindgreise Nummer 25 und 27 versteckt. Sie beschafft ihnen die notwendigsten Medikamenten und plant, sie bei Miyako in Sicherheit zu bringen. Doch Tetsuos Anhänger wollen dieses Vorhaben vereiteln. Um endlich genau zu erfahren, was es mit Akira und seinen übernatürlichen Kräften auf sich hat, sucht Tetsuo Miyako auf. Der Bericht der weisen Alten läßt ihm endlich das unheimliche Ausmaß des »Akira«-Projekts deutlich werden.
Ein enger Vertrauter Tetsuos hat erfahren, daß sich Kei zusammen mit dem Kindgreis Nummer 27 in Miyakos Tempel aufhält, und will Tetsuo daraufhin zum Kampf gegen Miyako aufstacheln.
Tetsuo jedoch wird von heftigen Entzugserscheinungen gequält und ist nicht mehr ansprechbar. Zornig ruft sein Vertrauter eigenmächtig eine allgemeine Mobilmachung für Neu-Tokio aus und bläst zum Sturm auf Miyakos Tempel. Doch dort stoßen seine Truppen auf unerwarteten Widerstand.