Alitas Zerstörung am Ende der ursprünglichen Serie »Battle Angel Alita« ist nicht von langer Dauer. Doktor Nova gelingt es, ihr Gehirn zu rekonstruieren. Während ihrer Reaktivierung erinnert sich Alita plötzlich an ihre Kindheit auf dem Mars und den ersten Kontakt zu den Cyborgs, deren Kampftechnik sie fasziniert. Als Alita schließlich vollständig erwacht, findet sie sich in einem Körper wieder, der unzerstörbar scheint. Den wird sie auch brauchen, denn rasch steht sie neuen, actionreichen Verwicklungen gegenüber...