Shinjis Freund Toji Suzuhara wurde überraschend zum Fourth Children und damit zum Piloten des EVA-03 bestimmt. Bald darauf kam es zu einem neuerlichen Angriff eines Engels. Im Zuge des Kampfes wurde EVA-03 von dem Invasoren gekapert. Über Dummy-Steuerung sorgte NERV dafür, dass EVA-01 den vom Engel besessenen EVA-03 zerstörte, wobei Toji ums Leben kann. Wird Shinji den Tod seines Freundes verwinden können?