Völlig unerwartet wird der 14jährige Shinji Ikari von seinem Vater, mit dem er seit 10 Jahren praktisch keinen Kontakt mehr hatte, zu den Labors des NERV-Geheimdienstes beordert. Er soll zum Piloten eines der EVA-Kampfroboter ausgebildet werden, mit denen sich die Menschheit gegen die Angriffe der "Engel" wehren will. In seiner neuen Rolle fühlt sich der eigentlich eher stille und zurückhaltende Junge alles andere als wohl...